Česká republika zatím není připravena na efektivní výstavbu sítě vysokorychlostních železničních spojení, kterou plánuje dokončit přibližně do roku 2050. Stát zatím nevytvořil věcné podmínky pro výstavbu této sítě a nejsou určeny ani zdroje financování. Dosud nebyla ukončena jednání se sousedními státy o propojení rychlých železničních spojení. Nejsou plně prokázány ani očekávané přínosy. Předpokládané úspory nákladů mohou být výrazně nižší nebo se vůbec nepotvrdí. To je výsledek kontroly NKÚ zaměřené na peněžní prostředky určené na přípravu výstavby rychlých železničních spojení v ČR.
Minimální investiční náklady na výstavbu sítě vysokorychlostních železnic se odhadují na 737 mld. Kč. Na přípravu výstavby už Správa železnic k 30. červnu 2025 vynaložila 5,6 mld. Kč. Ačkoliv Správa železnic není schopna hradit výstavbu rychlých železničních spojení z vlastních zdrojů, nebyly do ukončení kontroly NKÚ, tedy ještě v říjnu loňského roku, zdroje financování určeny. Správa železnic spolu s Ministerstvem dopravy předpokládá, že výstavba bude financována mj. z fondu CEF, což je nástroj pro propojení Evropy, dále z úvěru od Evropské investiční banky a také zapojením PPP projektů (partnerství veřejného a soukromého sektoru). U těchto projektů je však nezbytná finanční účast státu, která ale není zajištěna. Přitom například ve Francii činila finanční účast státu u PPP projektů na železnici 50 % stavebních nákladů.
Přínosem výstavby sítě rychlých železničních spojení má být mj. úspora času, rozvoj regionů, úspora nákladů dopravců a nákladů na silniční infrastrukturu. Podle NKÚ existuje významné riziko, že se tyto přínosy nenaplní. Např. k úspoře času je nutná výstavba ucelených tras a také modernizace nádraží (železničních uzlů). Avšak např. železniční uzel Praha má být modernizován až v roce 2047, zatímco vysokorychlostní trať Praha – Brno – Břeclav má být zprovozněna už do roku 2036. Předpokládaný rozvoj regionů je zase u některých úseků v přímém rozporu s očekávanou úsporou času. Rozvoj regionů je totiž podmíněn zastávkami a sjezdy na trati. Ve zprávě Evropského účetního dvora, který v roce 2018 kontroloval evropskou vysokorychlostní železniční síť, je mj. uvedeno, že každá mezistanice na vysokorychlostní trati představuje prodloužení celkové jízdní doby v průměru o 4 až 12 minut.
Očekává se rovněž, že po výstavbě rychlých železničních spojení se uvolní kapacita pro nákladní dopravu a dopravci ji převedou ze silnic na železnici. Ochotu dopravců přejít ze silnic na železnici ale omezuje skutečnost, že železniční nákladní doprava je oproti silniční méně spolehlivá, méně operativní a dopravci platí vysoké poplatky za využití železniční dopravní cesty.
Koncept rychlých železničních spojení v ČR předpokládá napojení na okolní státy. V době kontroly NKÚ však nebyla platná ani jedna mezinárodní smlouva o novém přeshraničním spojení. Jednání se sousedními státy dosud neskončila. Přestože jsou některé úseky na území ČR projektovány na provozní rychlost až 320 km/h, existuje riziko, že dopravci tuto rychlost u mezinárodních spojů nevyužijí. Okolní státy totiž uvažují o napojení na ČR s rychlostí do 250 km/h.
Ministerstvo dopravy, resp. Správa železnic do doby ukončení kontroly nesplnily úkol uložený vládou, když nezajistily územní ochranu některých staveb tím, že některé trasy rychlých spojení nebyly zaneseny do územního rozvojového plánu České republiky.
NKÚ provedl kontrolu 15 veřejných zakázek zaměřených na přípravu rychlých železničních spojení v celkové hodnotě 2,5 mld. Kč. U části z nich zjistil výrazné zvyšování vysoutěžených cen, a to až o 126 %. Důvodem je změna zákona o zadávání veřejných zakázek přijatá v roce 2023, která u nadlimitních sektorových zakázek zrušila 30% limit pro přípustné navýšení vysoutěžené ceny. Podle NKÚ se kvůli této změně stává zadávací řízení na nadlimitní sektorové veřejné zakázky formálním. Změna totiž umožňuje navyšovat ceny vzešlé ze soutěžního prostředí, čímž dochází k deformování trhu sektorových zakázek. To ve svém důsledku vytváří předpoklady pro nehospodárné vynakládání peněžních prostředků (27.4.2026).